Die Wurzeln der FeG Lippstadt reichen zurück bis ins Jahr 1944, zu einer Gruppe mit Personen aus kirchlichem und frei-kirchlichem Hintergrund, die sich zum gemeinsamen Bibellesen und Beten trafen. Als sich drei Jahre später ein zweiter Hauskreis anschloss, wuchs die Gemeinschaft schnell auf über 50 Personen an. Man bildete einen „Bruderrat“ und die Gruppe schloss sich an den Gemeinschaftsverband Minden-Ravensburg an. Seit 1948 traf man sich unter dem Namen „Christliche Gemeinschaft Lippstadt“ in verschiedenen öffentlichen Räumen.
1955 nannte man sich um in „Christliche Allianzgemeinschaft e.V.“ und setzte eine erste Satzung auf.
01.12.1957: das Gemeindehaus am Mörikeweg wurde eingeweiht - das ist das offizielle Datum unserer Gemeindegründung. 1964 wurde der erste eigene Pastor berufen und in den folgenden Jahren eine Missionarin nach Japan ausgesandt.
1973 erstellte die Gemeinde eine neue Satzung in Anlehnung an die Mustersatzung des Bundes Freier evangelischer Gemeinden und hieß nun „Evangelische Allianzgemeinde Lippstadt“. Legendär war damals der Gitarrenchor mit seinen rund 100 Teilnehmern.
1981 schloss die Gemeinde sich dem Bund der Freien evangelischen Gemeinden an und heißt seitdem „Freie evangelische Gemeinde Lippstadt“. Das Gemeindewachstum erforderte größere Räumlichkeiten und so wurde das ehemalige Schlachthofgelände an der Beckumer Straße als Baugrundstück erworben. 1992 wurde das neue Gemeindehaus eingeweiht und das Angebot für Jung und Alt beständig ausgebaut.
2007 verzeichnete die FeG Lippstadt 147 Mitglieder, zusätzlich besuchten zahlreiche Kinder und Freunde der Gemeinde die Veranstaltungen.
2012 stellte die Gemeinde einen Gemeindereferenten für den Bereich „Junge Generation“ ein.
2017 war die Gemeinde auf 194 Mitglieder angewachsen und feierte ihr 60- jähriges Jubiläum.
2019 wurde ein Referent für den Bereich Ehe und Familie eingestellt.