Die Wurzeln der FeG Lippstadt reichen zurück bis ins Jahr 1944, zu einem Hauskreis mit Personen aus kirchlichem und frei-kirchlichem Hintergrund, die sich zum gemeinsamen Bibellesen und Beten treffen. Als sich drei Jahre später ein zweiter Hauskreis anschließt, wächst die Gemeinschaft schnell auf über 50 Personen an. Es wird ein „Bruderrat“ gebildet und die Gruppe schließt sich an den Gemeinschaftsverband Minden-Ravensburg an. Seit 1948 trifft die Gruppe sich unter dem Namen „Christliche Gemeinschaft Lippstadt“ in verschiedenen öffentlichen Räumen.
1955 wird der Name in „Christliche Allianzgemeinschaft e.V.“ umbenannt und eine erste Satzung aufgesetzt. Am 1. Dezember 1957 wird das Gemeindehaus am Mörikeweg fertiggestellt und eingeweiht. Dieser Termin wird als das offizielle Datum der Gemeindegründung der Gruppe und damit der späteren FeG benannt. 1964 wird der erste eigene Pastor berufen und in den folgenden Jahren eine erste Missionarin nach Japan ausgesandt.
1973 erstellt die Gemeinde eine neue Satzung in Anlehnung an die Mustersatzung des Bundes Freier evangelischer Gemeinden und nennt sich nun „Evangelische Allianzgemeinde Lippstadt“. In dieser Zeit gibt es einen Gitarrenchor, der mit seinen rund 100 Teilnehmern legendär ist.
1981 schließt sich die Gemeinde an den Bund der Freien evangelischen Gemeinden an und heißt seitdem „Freie evangelische Gemeinde Lippstadt“. Das Gemeindewachstum erfordert größere Räumlichkeiten und so wird schließlich das ehemalige Schlachthofgelände an der Beckumer Straße als Baugrundstück erworben. 1992 wird das neue Gemeindehaus eingeweiht und das Angebot für Jung und Alt beständig ausgebaut.
2007 verzeichnet die FeG Lippstadt 147 Mitglieder, zusätzlich besuchen zahlreiche Kinder und Freunde der Gemeinde die Veranstaltungen.
2012 stellt die Gemeinde einen Gemeindereferenten für den Bereich „Junge Generation“ ein.
2017 ist die Gemeinde auf 194 Mitglieder angewachsen und feiert ihr 60 jähriges Jubiläum.